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阅读、标注与整理

从打开 PDF 到形成可复用笔记的一套工作流。

打开论文

在 Library 中点击论文行，或在文件树中打开论文目录下的 PDF / Markdown。

打开 paper 时，中间栏默认 左右分屏：左侧 PDF（或 HTML），右侧 NOTES.md。可用标题栏 Layout 菜单或快捷键开关 NOTES 面板。再打开另一篇 paper 时，会叠到同一两栏（body / NOTES 同步切换），不会无限拆第三列。

文档由 Dockview 管理：可上下左右分屏、拖拽文件树条目并入某一侧。关闭用 ⌘W（有弹层时先关弹层）；⌥⌘← / ⌥⌘→ 按视觉顺序循环面板。关光文档后回到全库 Library。

阅读 PDF

PDF 阅读器支持：

  • 页码跳转；
  • 底部页码栏中的适应宽度 / 适应整页；
  • 大纲导航；
  • ⌘F 查找文本；
  • 平滑划词与选区菜单（高亮 / 提问 / 翻译；批注走页右缘竖向入口）；
  • 沉浸式阅读（全屏 + 限宽居中）。

扫描件没有文本层时，选词能力会受限；这不是文件损坏。

高亮和批注

  1. 在 PDF 中拖选一段文本。
  2. 在选区菜单中选择颜色，创建高亮。
  3. 需要写解释时，把指针移到页右缘对应高度的竖向评论入口（hover 进入编辑；移走且没输入则缩回竖向卡片；输入后提交），带评论的高亮会常驻在页右缘评论列，点击卡片即可修改；窗口较窄时回退为页边针。
  4. 右侧 批注 面板可列出当前 PDF 的提问与视觉批注（跳转 / 删除）。

标注保存在论文目录的 marks/ 中，不写进原始 PDF，也不自动追加到 NOTES.md。

视觉批注（插图 / 表 / 算法 / 公式）

对 PDF 中的区域做框选批注：

  1. 打开 PDF 后按 ⌘.（或工具栏按钮）进入框选模式。
  2. 框选插图、表格、算法或公式区域。
  3. 输入批注备注保存；或按 ⌘Enter 直接针对该区域向 Agent 提问。
  4. 批注写入 marks/<id>.json（kind: visual v2），裁剪图存入 marks/assets/。

已保存的纯视觉批注会出现在页右缘评论列，点击卡片即可就地修改备注；若该批注已有 Agent 会话，页边针仍可打开对话。也可在笔记中用 [[论文@id]] 或 ![[论文@id]] 引用。

版面分析（Figures 侧栏）

打开论文后，右侧栏切换到 Figures：

  • 自动（或手动点「分析」）运行 PP-DocLayoutV3 ONNX 版面分析。
  • 列出检测到的插图、表格、算法和有编号公式。
  • 点击条目跳转到 PDF 对应位置；可开启叠加层查看模型原始框。
  • 鼠标悬停在插图/表/算法/有编号公式区域会在框右上角显示「单击进行批注」提示；单击打开视觉批注编辑器。

原始结果缓存到 {paper}/source/layout.json，侧栏索引写入 {paper}/source/layout-index.json，可用 CLI agentero layout list|get 读取。

参考文献（References）

打开论文后，右侧栏切换到 References：

  • 面板会解析当前论文的参考文献，按本地 bib/bbl/thebibliography 或在线 S2/Crossref 补全元数据。
  • 每条引用显示编号、标题、作者·年份·venue、DOI / arXiv 徽标；已入库的论文可直接打开，未入库的可一键导入。
  • 在 PDF 中点击 citation 链接（如 [12] 或作者-年份），会跳转到对应参考文献卡片并高亮；URI 类链接则用系统浏览器打开。
  • 过滤框可搜索标题、作者、年份或 venue。
  • 卡片下方是引用近邻图：当前论文、本文引用的库内论文、引用本文的库内论文、未入库 stub 用不同形状区分。点击库内节点打开对应论文；header 图标可切到全库引用边。这与 Markdown 双链反链不是同一张图。

如果右侧栏没有 References，检查 Layout → 右侧面板 是否开启。

对选中文本提问

  1. 选中句子或段落。
  2. 选择 提问。
  3. 输入问题并发送。
  4. 查看回答；需要时可继续追问。

提问会把选中文本和页码作为上下文，结果写入 marks/。划词提问使用设置中为该能力配置的 Agent，不一定与右侧 Agent 面板当前会话相同。需已配置可用的 BYOA Agent。

翻译

  1. 选中原文。
  2. 选择 翻译。
  3. 按设置使用 Agentero 内置服务、免费机器翻译或 BYOA Agent。
  4. 查看并保留需要的翻译记录。

PDF 工具栏还有 全文翻译（Languages，在视觉批注旁）：依赖版面分析，按阅读顺序分批翻译正文，译文盖在原 bbox 上。页签可只译本页；再点可停止或清除覆盖层。缓存写在 {paper}/source/layout-translate.json，不改 PDF。

在 Settings → 翻译 中配置服务与默认语言。官方安装包默认是「Agentero 内置」，不需要填任何 Key；免费服务可能受限流影响，需要稳定结果时优先用内置服务或已登录的 Agent。

整理 NOTES.md

建议把长期结论写进 NOTES.md，短期阅读动作留在 marks/：

# 这篇论文解决了什么问题

## 核心结论

## 方法

## 局限

## 与我的研究的关系

NOTES.md 是普通 Markdown，可在 Agentero、Obsidian、VS Code 等中继续编辑。粘贴图片会写入同目录 assets/ 并插入相对路径引用。编辑器工具栏的 属性 / Properties 可编辑 YAML frontmatter（如 aliases），不必改文件名也能用论文标题做双链搜索。

使用双链

Obsidian 兼容语法：

这篇工作扩展了 [[另一个论文]] 中的实验设置。
具体规则见 [[另一个论文#实验设置]]。
关键结论见 [[另一个论文#^summary]]。
这条高亮见 [[papers/…/NOTES@批注id|短摘录]]。

输入 [[ 后可从文件 / 标题 / block / 批注等候选中选择（# 标题 · ^ 文本块 · | 显示名 · @ 批注；↑↓ 循环，tab 补全，enter 确认）。@ 用于 PDF 划词或视觉批注；target 用路径，不要只用论文展示标题。保存后更新编辑器状态栏的反链。通过 Agentero 移动或重命名时，会修复已解析到该目标的链接。文献引用图在 References 侧栏，不随双链改动刷新。

更细的编辑器语义见 双链 UI。

嵌入 Vault 内容

![[另一个论文]]
![[另一个论文#实验设置]]
![[assets/figure.png|480]]
![[papers/example/paper.pdf]]
![[papers/example/NOTES@批注id]]
语法 显示
![[note]] 整篇 Markdown
![[note#heading]] 标题区段
![[note#^block-id]] block 所在行
![[image.png]] 图片；alias 可写宽度
![[document.pdf]] 内嵌 PDF
![[…@annotationId]] 划词 / 视觉批注

嵌入只读；光标进入 ![[...]] 时显示源码。循环或过深嵌套会显示有界提示。

精读（可选）

资源齐全（本地 PDF + TeX 或 PAPER.md）且尚未精读时，文件树论文行可点 Zap 启动 paper-reader，结果写入 NOTES.md。也可在设置中开启自动精读（默认关）。详见 接入 Agent。

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