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组织目录被识别成单篇论文（#201）

状态：已修复 影响面：papers/ 文件树、论文路径归属、Agent 论文上下文与 PDF/NOTES 关联

问题

papers/ 下的目录原先只要直接包含 NOTES.md、PAPER.md、metadata.json 或 source/ / assets/ / marks/，就会被标记为论文目录。论文目录在文件树中是叶节点， 因此不会继续展示子目录。

当一个组织目录同时保存索引笔记时会误判，例如：

papers/rubric/
├── NOTES.md                 # 组织级文献索引
├── 2601.04171/
│   ├── NOTES.md
│   └── metadata.json
└── 2601.15808/
    ├── NOTES.md
    └── metadata.json

papers/rubric 会先被当成论文，子论文不会进入 paperFolders。随后 paperDirFromPath 还可能把子论文文件归属到 papers/rubric。

根因

论文识别把“目录自身存在 marker”和“目录是最小论文单元”混为一谈。 NOTES.md 既可以是论文笔记，也可以是组织目录的索引笔记；文件名本身无法区分这两种语义。

修复

  • 保留 NOTES.md 对历史 NOTES-only 论文目录的兼容。
  • 若目录子树中包含论文后代，嵌套论文优先，当前目录保留为组织目录。
  • 跳过论文内部的 source/、assets/、marks/、attachments/，避免它们的任意资源被误认为嵌套论文。
  • 当 paperFolders 已经是非空列表时，文件路径归属以该列表为准；不再把未命中的组织级 NOTES.md 回退归属为论文。
  • Host 的 marker 仍用于 source/ 懒加载，但不把这个遍历优化语义当作前端论文身份的唯一来源。

验证

  • 新增组织索引 NOTES.md + 多个嵌套论文的回归测试。
  • 新增已知论文路径列表阻止组织级 NOTES.md 错误归属的测试。
  • test/paper-metadata.test.ts
  • test/vault-tree.test.ts
  • test/context-path-icon.test.ts
  • test/agent-mention.test.ts
  • TypeScript typecheck